Confrontación en Enies Lobby

Zoro y los demás llegan a Enies Lobby tras cruzar la tormenta marina que azota Water Seven llamada Aqua Laguna y luego de derrotar al capitán T-bone en el mar abierto. La tripulación (menos Luffy, quien entró usando sus propios medios) irrumpe en la isla judicial utilizando el tren marino Rocket Man. Ahí, se enfrentan a un gran número de guardias y agentes. Con la ayuda de las "mascotas" de la Franky Family son capaces de llegar hasta el edificio más grande de la isla principal desde el cual ven a Robin y le confirman su lealtad en una escena emotiva donde Robin grita llorando que quiere vivir. Tras conseguir llegar hasta la Torre de Justicia, Zoro encuentra rápidamente a Kaku, el segundo miembro más poderoso del Cipher Pol 9 e inician una feroz batalla que desemboca más tarde en una cómica e interesante situación cuando Kaku le muestra sus recién adquiridos poderes de Fruta del Diablo. Luego de una intensa batalla en donde queda accidentalmente esposado con Sogeking y más tarde liberado por Nami, Zoro consigue vencer a Kaku utilizando una nueva técnica llamada Kyūtoryū Asura Ichibugin. Entonces, Zoro le dice a Kaku el mensaje que Pauly (jefe de carpinteros de Galley-La) le había pedido a Zoro que entregara. "Estás despedido" le dice Zoro a Kaku, quién luego de lamentarlo, le entrega la llave número 5 (que a la postre sería la llave que liberaría a Robin) y finalmente cae derrotado.

Una vez que Robin es liberada por Franky, todos llegan al Puente de la Vacilación para esperar a Luffy (quien está peleando contra Rob Rucchi). Durante su espera, Zoro peleará contra algunos marinos a quienes derrotará fácilmente hasta que se enfrenta al Capitán Shū. Este marino tiene un poder de Fruta del Diablo con el cual oxidará y semi-desintegrará la espada de Zoro llamadaYubashiri.

El cubrirá las espaldas de Usopp mientras éste da ánimos a Luffy para que derrote a Rucchi. Al final de la batalla caerá junto a toda la tripulación al Going Merry, que había ido a rescatarlos de los marinos.